První zmínka o obci v písemných historických pramenech pochází z roku 1355. Tehdy Slavek z Rýzmburka podával kněze ke kostelu v Klínech, který dříve sloužil na faře v Litvínově. Zpráva pochází z knih konfirmačních (Libri confirmationum, I, s. 51), které byly vedeny v jazyce latinském při arcibiskupství pražskému a zaznamenávaly tzv. konfirmace (potvrzení, souhlas) aktů uplatňovaného podacího práva, vyplývajícího z patronátního práva vrchností k jednotlivým kostelům. Podací právo bylo právo „podávat“, jmenovat, či prezentovat faráře. Knihy konfirmační byly zároveň jmenovitým přehledem o obsazení jednotlivých beneficií. Ze zápisu v knihách konfirmačních se vztahem k obci Klíny, který zkráceně zní: „…ad praesentatio Slawconis de Rysemberg ad ecclesia noue plantacionis in villa Gerij in monte S. Wenczeslai, executor plebanus de Lutwinow“, vyplývá, že ves Klíny (villa Gerij) na hoře sv. Václava (in monte S. Wenzeslai) s farním kostelem, který byl nově vystavěn (noue plantacionis – doslova „nově vysazen“), patřila Slavkovi z Rýzmburku, který ke kostelu podával faráře dosud sloužícího v Litvínově. Lze mít za to, že ves Klíny jako ves hornická byla založena právě Slavkem z Rýzmburka a to krátce před rokem 1355. Klíny byly nejvýše položeným sídlištěm (812 m n. m.) na území drženém pány z Rýzmburka a její založení nepochybně souvisí až s jejich důlním podnikáním ve 14. století. Dá se tak také odhadovat z formulace zápisu o nově vybudovaném kostelu, který byl stavěn ve vsi založené krátce před tím. O důlním podnikání v místě lze uvažovat i z pojmu „hora sv. Václava“, který pravděpodobně má vztah k obvyklému pojmenování důlního díla a nikoliv ke jménu obce, která v té době již své jméno měla (o jménu obce viz dále). Tradice těžby stříbrných rud ve středověku je známa topografické literatuře z první poloviny 19. století (Johann Gottfried Sommer, Das Königreich Böhmen, Bd. I., Prag 1833, s. 145). Jinak sv. Václavu byl zasvěcen i původní gotický kostel v Klínech.
V držení pánů z Rýzmburka byla ves Klíny až do závěru 14. století. Ačkoliv bratři Slavek (V.) a Boreš (V.) z Rýzmburka zanechali po své smrti v roce 1385 další generaci hospodářsky konsolidovaný pozemkový majetek značného rozsahu, tak jejich dědicové již nedokázali ekonomickou prosperitu rodových statků udržet. Nedlouho po té začali rozprodávat nejen jednotlivé vesnice, ale i města, hrady a kláštery. V roce 1398 prodal Boreš (IX.) mladší, prostřední ze tří Borešů, synů Boreše (V.), míšeňskému markrabímu Vilémovi I. Jednookému hrad Rýzmburk s vybudovanou manskou soustavou dvaceti pěti manství, klášter v Oseku a město Duchcov. Lze mít za to, že i Klíny změnily vlastníka. Markrabě míšenský se stal vrchností také v královském městě Mostě a na mnoha dalších místech. Uvedená situace, kterou velice nelibě nesl král Václav IV., protože se de facto udála „za jeho zády“ a bez jeho vědomí, trvala až do roku 1459. 25. dubna 1459 jednal v Chebu český král Jiří z Poděbrad s Fridrichem Saským a jeho bratrem Vilémem Míšeňským. Výsledkem jednání, vedle uzavření dvou svatebních smluv, byla také dohoda o postoupení města Mostu s hradem řečeným Landeswarte a Rýzmburku s městečkem Duchcovem českému králi.
Připomenutím uvedené události je listina krále Jiřího z Poděbrad z 20. září 1460, kterou městu Duchcovu potvrdil všechny svobody, povolil mu vařit a šenkovat ječné pivo, obnovil týdenní trh, postoupil pastvu a udělil znak, který měl připomínat příslušnost města k českému státu a zaručil se, že město nikdy nebude zastaveno do ciziny. Udělený městský znak měl podobu čtyřikrát červeno-černě polceného štítu, ve kterém je český lev. Originál listiny se nedochoval. Znění je známo z opisu a z pozdější konfirmace.
Přesto, že se Duchcov stal královským městem, byl již roce 1461zastaven královskému kancléři Prokopovi z Rabštejna. V roce 1527 koupil duchcovskou zástavu od Jana Kaplíře ze Sulevic Děpolt z Lobkowicz na Bílině (+ 1527). V roce 1530 jeho synové dosáhli propuštění Duchcova z manství a panství se stalo dědičným majetkem pánů z Lobkowicz. Nejmladší z Děpoltových synů Václav z Lobkowicz (+ 1574) se stal zakladatelem duchcovské linie rodu. V roce 1538 uzavřeli synové zemřelého Děpolta, v duchu jeho testamentu, smlouvu o dělení majetku zapsanou do Desk zemských (DZ 45 E 15). U Václavova dílu je jako součást panství Duchcov zmiňována i ves Klíny (Gern).
Následující osudy obce Klíny nejsou zcela jasné. Přesto je možné je s přestávkami sledovat v souvislosti s Lobkowiczi. Nějakým způsobem se Klíny dostaly k mosteckému panství. To v roce 1585 koupil od Anny z Veitmile Ladislav III. Popel z Lobkowicz a učinil o něm jako o dědičném statku vklad do Desk zemských. V zápise příslušného kvaternu se píše, že součástí mosteckého panství je „…ves Khern jinak na Klynach….“ (DZ 26 C 7). V té době byl Ladislav z Lobkowicz prezidentem české královské komory a je zřejmé, že převod bývalého královského majetku do dědičného držení v jeho prospěch nemohly provázet žádné výrazné potíže. V této souvislosti lze však také připustit, že Klíny byly do té doby stále a bez přerušení již přes padesát let „lobkowiczské“ a k nově získanému mosteckému panství jen formálně připojeny. Snad je Ladislav získal v předchozí době jako nějaký podíl při dělení lobkowiczkých statků. Sám měl majetek v jiných částech Českého království (Zbiroh, Točník na Berounsku) a tak připojil Klíny k Mostu z ryze praktických důvodů – kvůli lepší možnosti spravování.
Ladislav z Lobkowicz se spolu s bratrem Jiřím vzepřeli císaři Rudolfovi II. Velice ambiciózní Jiří Popel z Lobkowicz neváhal při uspokojování svých osobních a politických zájmů intrikovat nejen proti příslušníkům vlastního stavu, ale nakonec i proti císaři. Jiřímu se přičítá zmaření snah Viléma z Rožmberka o dosažení hodnosti míšeňského purkrabího. Tím si proti sobě postavil nejen nejvyššího purkrabího Království českého, ale také uznávanou hlavu české šlechtické obce. Po smrti Viléma z Rožmberka se ukázal smysl intriky. O míšeňské purkrabství žádal císaře Rudolfa II. sám Jiří Popel. A to způsobem nehorázným. Do té doby veliký oblíbenec panovníka zřejmě ztratil smysl pro soudnost a začal císaře vydírat ultimativními požadavky. Chtěl, aby se císař rozhodl do určitého data udělit mu buď hodnost míšeňského purkrabího, nebo vyplatit 30 000 tolarů. Císař se rozhodl pro peníze. Lobkowicz odpověděl, že se přesto necítí být uspokojen a v usilování o míšeňské purkrabství bude pokračovat dál. Byl odmítnut a tak žádal u udělení úřadu nejvyššího purkrabí po zemřelém Vilémovi z Rožmberka. Nikdo ze současníků nepochyboval, že císař Lobkowiczovi vyhoví. Nestalo se tak a do úřadu byl jmenován Adam z Hradce. Jiří z Lobkowicz ztrácel pomalu své pozice. Snažil se je získat pomocí stavů. Na sněmu v roce 1593 byl čten stížný list, ve kterém bylo nevážně mluveno o králi, připomínány jeho nesplněné sliby a povinnosti. Jiří z Lobkowicz měl jako předseda sněmu projednávání spisu odmítnout, ale neučinil tak. Přijetím se odložilo jednání o požadavcích krále a závěr sněmu mu dal na srozuměnou, že se o nich jednat nebude, nebudou-li splněny body stížného listu. Rudolf II. neustoupil a sněm byl rozpuštěn bez závěru. Rudolf II. mimo jiné očekával od sněmu schválení mimořádné daně. Druhou věcí bylo, že díky rozpuštění sněmu nebylo projednáno vyslání české zemské hotovosti do Slezska na pomoc arcivévodovi Maxmiliánovi, který byl nakonec zajat. To už císař považoval za urážku Habsburků a dal zahájit vyšetřování příčin rozkladu sněmu. Z vyšetřování vyplynulo, že hlavní podíl na vzniku stížného listu měl Jiřího starší bratr Ladislav z Lobkowicz. Ladislav nemohl popřít, že stížný list napsal jeho písař. Nemohl také popřít, že list osobně předal Šebestiánovi z Vřesovic, který jej jménem stavů na sněmu četl. Z obavy o svůj osud utekl Ladislav z Lobkowicz ze země. To spustilo lavinu pomluv namířených proti Lobkowiczům. Byl jim přisuzován úmysl usurpace vlády. Jiří z Lobkowicz se měl stát králem českým a Ladislav uherským. Do těchto pomluv byl vtažen i s Jiřím z Lobkowicz přes manželku spřízněný arcivévoda Ferdinand Tyrolský. Měl se údajně stát císařem. To ho nakonec donutilo distancovat se od Lobkowicze zcela. Pomlouvačům se velice hodila událost z konce roku 1588. Tehdy se při hostině v Lobkowiczově domě na Hradčanech dopustil papežský nuncius kardinál Aldobrandini poněkud nešťastného výroku. Z dvojsmyslného přípitku na zdraví českého krále okamžitě povstala fáma, že kardinál tak připíjel Jiřímu z Lobkowicz. Chybou Lobkowicze bylo, že se proti nařčení ihned rázně neohradil. Naopak, historkou s kardinálovým přípitkem se chlubil. Jak víme, byl Rudolf II., jsa svobodný a prost legitimních potomků, velice nedůtklivý na různé narážky týkající se nástupnictví. Tehdy se však nic nestalo. Jakoby si císař na odplatu počkal pět let. 26. ledna 1594 odsoudil zemský soud Ladislava Popela z Lobkowicz v jeho nepřítomnosti ke ztrátě života, cti a majetku. V únoru byl k soudu obeslán Jiří z Lobkovic. Byl obviněn ze zrady, podvodu a urážky císařského majestátu. 31. března císař rozhodl. Jiří byl odsouzen ke stejným trestům jako jeho bratr. 29. dubna byly všechny jeho statky konfiskovány. Trest smrti mu byl na řadu přímluv změněn na doživotí. Postupně byl vězněn na jeho vlastním hradě Líčkově, pak v Kladsku a nakonec od roku 1606 na Lokti, kde i zemřel 27. května 1607. Údajně druhý den po smrti byl na jeho mrtvém těle vykonán akt popravy. Ladislav včas utekl do zahraničí a nakonec mu byl povolen pobyt pouze v moravském Slavkově. Přesto v roce 1608 dosáhl milosti a mohl se vrátit do Čech.
Ladislav z Lobkowicz v roce 1591, tedy dávno před osudovým zemským sněmem, daroval Most s příslušenstvím své manželce Magdaleně hraběnce ze Salm-Neuburgu. V zápise v Deskách zemských se zmiňují i Klíny – „…hrad Mostský…ves Khern jinak na Klynach…“ (DZ 26 C 7). Přesto byl Most konfiskován a Magdalena odškodněna. Snad někdy před konfiskací byly některé části mosteckého panství prodány, či převedeny na příbuzné z rodu Lobkowiczů. Tak došlo i na ves Klíny, se kterou se setkáváme v roce 1618 jako s příslušenstvím tvrze v Horním Litvínově. V uvedeném roce byl držitelem tvrze a vsi Horní Litvínov Václav Vilém z Lobkowicz (*1592, + 1621), vlastník panství Duchcov, Střekov, Všechlapy a Jiřetín. Se svou třetí manželkou Markétou Františkou z Dietrichsteinu měl jediného dospělého dědice Františka Josefa (*1617, + 1642), od roku 1635 hraběte z Lobkowicz. Neměl děti a tak panství Duchcov dědila jeho manželka Polyxena Marie z Talmberka (vlastně sestřenice, protože matkou Polyxeny byla Benigna Marie z Lobkowicz – dědové manželů byli bratři). Mladá vdova se v roce 1642 vdala podruhé za Maxmiliána hr. z Valdštejna na Mnichově Hradišti a Svijanech (+ 1655). Po smrti své manželky v roce 1651 dědil Duchcov s Horním Litvínovem. Od té doby byly Klíny součástí panství Duchcov-Horní Litvínov v držení hrabat z Valdštejna.
Po Maxmiliánovi z Valdštejna dědil Duchcov jeden z jeho synů, ještě neplnoletý Jan Bedřich, pozdější biskup v Hradci Králové (1668 – 1675) a arcibiskup pražský (1675 – 1694). V roce 1667 dosáhl Jan Bedřich z Valdštejna toho, aby spojená panství Duchcov a Horní Litvínov byla prohlášena císařem za fideikomis. Rodinné svěřenství, neboli fideikomisní panství, také majorát, bylo vyšší formou vlastnictví z pohledu právního. Panství bylo nedělitelné, nemohlo propadnout královské odúmrti, bylo vlastněno a spravováno jedním, obvykle prvorozeným synem s tím, že mladším sourozencům je vyplácena apanáž. Universálním dědicem po arcibiskupovi Valdštejnovi se stal jeho synovec z mnichovohradišťské větve rodu Jan Josef z Valdštejna (+ 1731). Po bezdětném Janovi Josefovi dědil jeho synovec František Josef Jiří (+ 1771). Ten v roce 1758 přijal jméno po vymřelých pánech z Vartenberka (vymřeli cca 1635 Janem Jiřim z Vartenberka v německém exilu) a rod užíval přídomku hrabě z Valdštejn-Vartenberku (z Waldstein-Wartenbergu). Jeho potomci založili rodovou větev duchcovsko – litomyšlskou. Na duchcovsko-litvínovském panství byli Valdštejn-Vartenberkové vrchností až do konce patrimoniální (vrchnostenské) správy, která byla v roce 1850 nahrazena správou státní zřízením okresních soudů, okresních, městských a obecních úřadů. Valdštejn-Vartenberkové po té drželi pouze velkostatek a v roce 1901 Jiřím Janem hrabětem z Valdštejn-Vartenberku vymřela duchcovsko-litomyšlská linie rodu docela.
dr